El origen de la Mapoteca se puede señalar con precisión en el discurso que pronunció el presidente Porfirio Díaz ante el Congreso de la Unión el 15 de febrero de 1877, en el que se proclama la creación de un archivo cartográfico “cuya utilidad no puede ser desconocida”.

El destino de tan valioso archivo cartográfico quedó integrado al Departamento de Cartografía del Ministerio de Fomento. Actualmente, depende del Servicio de Información Agroalimentaria y Pesquera, órgano desconcentrado de la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural.

Desde 1977 ostenta el nombre de Mapoteca Manuel Orozco y Berra, en honor a tan distinguido ingeniero, topógrafo, abogado, investigador e historiador mexicano del siglo XIX, cuya pasión fue la cartografía. En su obra, “Materiales para una Cartografía Mexicana”, Manuel Orozco y Berra enfrenta el gran trabajo de catalogar los más de tres mil planos y mapas que hasta entonces había logrado recopilar. Tras su muerte en 1881, esta colección fue donada al Departamento de Cartografía del Ministerio de Fomento y hoy es parte del catálogo de la Mapoteca que lleva su nombre.